Hallo Ed,
ich habe das auch schon öfter gelesen, aber immer nur in Touristik-Artikeln usw. Hast du dazu eine wissenschaftliche Quelle ?
Ich habe bisher keine gefunden. Auch bei Wikipedia erfährt man keine Quelle.
ZITAT:
Ein weiterer Erklärungsansatz bezieht sich auf die Beobachtung, dass die Spuren in den meisten Fällen in Richtung Meer verlaufen. Einige Quellen behaupten sogar, dass die Spuren bis in eine Tiefe von 70 m unter dem Meeresspiegel zu verfolgen seien. Allerdings ist der Kalkstein, der sich unter dem Meeresspiegel befindet, durch Wellengang stark angegriffen, was jeden Nachweis erschwert. Sollten sich die Spuren tatsächlich bis weit unter die heutige Meeresoberfläche verfolgen lassen, würde dies bedeuten, dass die Spuren viel älter sind, da der Meeresspiegel erst seit etwa 5000 v. Chr. auf das heutige Niveau angestiegen ist. ENDE
Ansonsten liest man auch von der Wissenschft nur: “könnte, hätte, Fahradkette”! 
Wenn man sich hier die Zitate durchliest, kann man sich denken was das Resultat ist.
Die Karrenspuren von Malta: Ein angewandter geomorphologischer Ansatz.
https://www.researchgate.net/publication/266200133_The_cart_ruts_of_Malta_An_applied_geomorphology_approach
Mottershead, Malta, Karrenspuren, geomorphologische Untersuchungen angezeigt
https://pure.mpg.de/rest/items/item_3337723/component/file_3358853/content
Eine Zusammenfassung der bisherigen Forschungarbeiten ist auch nicht gerade erbauend.
Zusammenfassung der bisherigen Forschung auf Mala.
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2352409X21004995#b0190
Was die Karrenspuren unter dem Meeresspiegel anbelangt, ist mir bei der heutigen Unterwasserarchäologie unverständlich, warum da noch keine Kartographierungen vorliegen. Dagegen gibt es Vermessungen der Spuren in allen Details.
Meine Schlussfolgerung daraus ist, dass dort die “Schwäbische Eisenbahn” fuhr, zwischen Schtuegert, Ulm und Biberach, Meckebeure, Durlesbach ! 
Gruß
Kurti